Services
NetTurnP - 1.0
Amino acid predection in β-turns and β-turn types in proteins
Beta-turns are the most common type of non-repetitive structures, and constitute on average 25% of the residues in all protein chains. The formation of Beta-turns plays
an important role in protein folding, protein stability and molecular recognition processes. A high correlation between the tendency for a sequence to form a Beta-turn and
the proteins reactivity to antipeptide antibodies has been discovered, and furthermore it has been shown that there is an overrepresentation of Beta-turns in B-cell epitopes.
In the area of protein-protein interactions, the formation of Beta-turns types I and II has been indicated to be essential for high-affinity binding to SH2-domains.
NetTurnP predicts if an amino acid is located in a Beta-turn or not. Optional, NetTurnP is also able to predict the nine Beta-turn subtypes.
Submission
Instructions
1. Specify the input sequences
All the input sequences must be in one-letter amino acid code. The allowed alphabet (not case sensitive) is as follows:
The sequences can be input in the following two ways:
-
Paste a single sequence (just the amino acids) or a number of sequences in
FASTA
format into the upper window of the main server page.
- Select a FASTA file on your local disk, either by typing the file name into the lower window or by browsing the disk.
2. pipes
All pipes '|' will be replaced with an underscore '_' in the name of a fasta-entry eg:
>test|something
ELVISLEVER
>test_something
ELVISLEVER
3. Lowercase letters
All lowercase letters in a sequence will be changed to uppercase letters
4. Submit the job
Click on the "Submit" button. The status of your job (either 'queued' or 'running') will be displayed and constantly updated until it terminates and the server output appears in the browser window.At any time during the wait you may enter your e-mail address and simply leave the window. Your job will continue; you will be notified by e-mail when it has terminated. The e-mail message will contain the URL under which the results are stored; they will remain on the server for 24 hours for you to collect them.
Output format
>2WNS.A.1 TRANSFERASE
ALGPLVTGLYDVQAFKFGDFVLKSGLSSPIYIDLRGIVSRPRLLSQVADILFQTAQNAGIS
FDTVCGVPYTALPLATVICSTNQIPMLIRRKETKDYGTKRLVEGTINPGETCLIIEDVVTS
GSSVLETVEVLQKEGLKVTDAIVLLDREQGGKDKLQAHGIRLHSVCTLSKMLEILEQQKKV
DAETVGRVKRFIQE
A prediction of all Beta-turn types using the sequence 2WNS.A.1 will give the following output:
# Column 1: Amino acid # Column 2: Sequence name # Column 3: Amino acid number # Column 4: Prediction for Beta-turn # Column 5: Class assignment - "T" for Beta-turn # Column 6: Prediction for Beta-turn type A # Column 7: Class assignment - "A" for Beta-turn type I # Column 8: Prediction for Beta-turn type B # Column 9: Class assignment - "B" for Beta-turn type I' # Column 10: Prediction for Beta-turn type C # Column 11: Class assignment - "C" for Beta-turn type II # Column 12: Prediction for Beta-turn type D # Column 13: Class assignment - "D" for Beta-turn type II' # Column 14: Prediction for Beta-turn type E # Column 15: Class assignment - "E" for Beta-turn type IV # Column 16: Prediction for Beta-turn type F # Column 17: Class assignment - "F" for Beta-turn type VIII # Column 18: Prediction for Beta-turn type G # Column 19: Class assignment - "G" for Beta-turn type VIb # Column 20: Prediction for Beta-turn type H # Column 21: Class assignment - "H" for Beta-turn type VIa1 # Column 22: Prediction for Beta-turn type I # Column 23: Class assignment - "I" for Beta-turn type VIa2 # A 2WNS.A.1 1 0.171 . 0.158 . 0.123 . 0.099 . 0.108 . 0.263 . 0.155 . 0.101 . 0.125 . 0.243 . L 2WNS.A.1 2 0.186 . 0.273 . 0.091 . 0.095 . 0.084 . 0.249 . 0.197 . 0.093 . 0.117 . 0.215 . G 2WNS.A.1 3 0.251 . 0.329 . 0.078 . 0.095 . 0.066 . 0.262 . 0.193 . 0.077 . 0.104 . 0.192 . P 2WNS.A.1 4 0.249 . 0.331 . 0.071 . 0.084 . 0.059 . 0.297 . 0.193 . 0.072 . 0.116 . 0.182 . L 2WNS.A.1 5 0.231 . 0.283 . 0.079 . 0.090 . 0.065 . 0.266 . 0.182 . 0.071 . 0.128 . 0.181 . V 2WNS.A.1 6 0.204 . 0.245 . 0.086 . 0.093 . 0.078 . 0.238 . 0.156 . 0.072 . 0.120 . 0.181 . T 2WNS.A.1 7 0.170 . 0.192 . 0.084 . 0.086 . 0.078 . 0.234 . 0.114 . 0.070 . 0.129 . 0.190 . G 2WNS.A.1 8 0.173 . 0.222 . 0.080 . 0.091 . 0.075 . 0.242 . 0.103 . 0.069 . 0.125 . 0.185 . L 2WNS.A.1 9 0.211 . 0.288 . 0.086 . 0.141 . 0.086 . 0.260 . 0.114 . 0.079 . 0.129 . 0.190 . Y 2WNS.A.1 10 0.236 . 0.339 . 0.098 . 0.150 . 0.081 . 0.260 . 0.149 . 0.087 . 0.148 . 0.202 . D 2WNS.A.1 11 0.260 . 0.360 . 0.126 . 0.226 . 0.111 . 0.272 . 0.166 . 0.141 . 0.211 . 0.214 . V 2WNS.A.1 12 0.283 . 0.355 . 0.144 . 0.221 . 0.217 . 0.299 . 0.289 . 0.173 . 0.216 . 0.222 . Q 2WNS.A.1 13 0.499 . 0.310 . 0.144 . 0.232 . 0.179 . 0.403 . 0.748 F 0.166 . 0.208 . 0.232 . A 2WNS.A.1 14 0.502 T 0.235 . 0.134 . 0.237 . 0.170 . 0.407 . 0.771 F 0.190 . 0.183 . 0.238 . F 2WNS.A.1 15 0.498 . 0.240 . 0.131 . 0.210 . 0.180 . 0.401 . 0.750 F 0.154 . 0.156 . 0.263 . K 2WNS.A.1 16 0.545 T 0.186 . 0.215 . 0.562 C 0.151 . 0.490 . 0.748 F 0.176 . 0.185 . 0.265 . F 2WNS.A.1 17 0.529 T 0.207 . 0.338 . 0.613 C 0.663 D 0.508 E 0.430 . 0.275 . 0.343 . 0.334 . G 2WNS.A.1 18 0.544 T 0.236 . 0.464 . 0.618 C 0.644 D 0.504 E 0.535 F 0.346 . 0.327 . 0.328 . D 2WNS.A.1 19 0.538 T 0.210 . 0.422 . 0.610 C 0.637 D 0.511 E 0.500 . 0.271 . 0.306 . 0.289 . F 2WNS.A.1 20 0.537 T 0.165 . 0.321 . 0.395 . 0.711 D 0.431 . 0.506 F 0.282 . 0.250 . 0.272 . V 2WNS.A.1 21 0.277 . 0.161 . 0.190 . 0.219 . 0.202 . 0.332 . 0.518 F 0.160 . 0.144 . 0.237 . L 2WNS.A.1 22 0.462 . 0.450 . 0.140 . 0.211 . 0.101 . 0.400 . 0.400 . 0.141 . 0.146 . 0.257 . K 2WNS.A.1 23 0.513 T 0.474 . 0.349 . 0.377 . 0.218 . 0.443 . 0.409 . 0.156 . 0.191 . 0.289 . S 2WNS.A.1 24 0.573 T 0.508 A 0.503 B 0.378 . 0.632 D 0.504 E 0.412 . 0.175 . 0.200 . 0.306 . G 2WNS.A.1 25 0.624 T 0.549 A 0.489 . 0.415 . 0.688 D 0.551 E 0.476 . 0.167 . 0.191 . 0.363 . L 2WNS.A.1 26 0.561 T 0.397 . 0.519 B 0.391 . 0.691 D 0.540 E 0.532 F 0.180 . 0.190 . 0.320 . S 2WNS.A.1 27 0.510 T 0.369 . 0.353 . 0.266 . 0.724 D 0.534 E 0.518 F 0.274 . 0.362 . 0.368 . S 2WNS.A.1 28 0.585 T 0.456 . 0.189 . 0.267 . 0.496 . 0.514 E 0.640 F 0.271 . 0.316 . 0.352 . P 2WNS.A.1 29 0.515 T 0.385 . 0.160 . 0.257 . 0.262 . 0.475 . 0.618 F 0.276 . 0.308 . 0.292 . I 2WNS.A.1 30 0.506 T 0.391 . 0.166 . 0.240 . 0.255 . 0.456 . 0.588 F 0.257 . 0.301 . 0.319 . Y 2WNS.A.1 31 0.560 T 0.418 . 0.222 . 0.276 . 0.225 . 0.534 E 0.613 F 0.153 . 0.148 . 0.277 . I 2WNS.A.1 32 0.396 . 0.295 . 0.343 . 0.231 . 0.218 . 0.494 . 0.445 . 0.143 . 0.168 . 0.295 . D 2WNS.A.1 33 0.463 . 0.383 . 0.324 . 0.209 . 0.291 . 0.568 E 0.410 . 0.163 . 0.247 . 0.382 . L 2WNS.A.1 34 0.532 T 0.456 . 0.342 . 0.318 . 0.266 . 0.596 E 0.384 . 0.255 . 0.328 . 0.495 . R 2WNS.A.1 35 0.481 . 0.452 . 0.238 . 0.321 . 0.271 . 0.557 E 0.440 . 0.243 . 0.342 . 0.532 I G 2WNS.A.1 36 0.508 T 0.511 A 0.152 . 0.379 . 0.224 . 0.576 E 0.460 . 0.304 . 0.329 . 0.497 . I 2WNS.A.1 37 0.553 T 0.587 A 0.203 . 0.516 C 0.310 . 0.553 E 0.458 . 0.242 . 0.345 . 0.416 . V 2WNS.A.1 38 0.557 T 0.559 A 0.219 . 0.431 . 0.344 . 0.577 E 0.716 F 0.208 . 0.261 . 0.299 . S 2WNS.A.1 39 0.553 T 0.565 A 0.272 . 0.394 . 0.352 . 0.548 E 0.704 F 0.431 . 0.431 . 0.343 . R 2WNS.A.1 40 0.537 T 0.565 A 0.261 . 0.304 . 0.386 . 0.529 E 0.681 F 0.279 . 0.443 . 0.327 . P 2WNS.A.1 41 0.436 . 0.327 . 0.222 . 0.221 . 0.270 . 0.507 E 0.696 F 0.317 . 0.341 . 0.298 . R 2WNS.A.1 42 0.268 . 0.282 . 0.185 . 0.197 . 0.171 . 0.303 . 0.158 . 0.208 . 0.344 . 0.287 . L 2WNS.A.1 43 0.267 . 0.306 . 0.131 . 0.181 . 0.154 . 0.293 . 0.129 . 0.066 . 0.176 . 0.209 . L 2WNS.A.1 44 0.229 . 0.252 . 0.127 . 0.164 . 0.093 . 0.259 . 0.119 . 0.076 . 0.121 . 0.196 . S 2WNS.A.1 45 0.189 . 0.246 . 0.103 . 0.099 . 0.099 . 0.239 . 0.102 . 0.069 . 0.127 . 0.202 . Q 2WNS.A.1 46 0.192 . 0.248 . 0.091 . 0.091 . 0.097 . 0.256 . 0.093 . 0.072 . 0.121 . 0.193 . V 2WNS.A.1 47 0.204 . 0.254 . 0.095 . 0.090 . 0.138 . 0.250 . 0.099 . 0.078 . 0.115 . 0.190 . A 2WNS.A.1 48 0.192 . 0.249 . 0.097 . 0.104 . 0.139 . 0.245 . 0.109 . 0.081 . 0.112 . 0.185 . D 2WNS.A.1 49 0.195 . 0.244 . 0.092 . 0.098 . 0.142 . 0.261 . 0.104 . 0.077 . 0.115 . 0.183 . I 2WNS.A.1 50 0.190 . 0.248 . 0.092 . 0.089 . 0.143 . 0.248 . 0.102 . 0.079 . 0.115 . 0.185 . L 2WNS.A.1 51 0.204 . 0.245 . 0.098 . 0.099 . 0.121 . 0.267 . 0.116 . 0.082 . 0.130 . 0.184 . F 2WNS.A.1 52 0.220 . 0.287 . 0.094 . 0.096 . 0.093 . 0.255 . 0.122 . 0.091 . 0.124 . 0.184 . Q 2WNS.A.1 53 0.198 . 0.241 . 0.086 . 0.091 . 0.075 . 0.257 . 0.138 . 0.085 . 0.125 . 0.185 . T 2WNS.A.1 54 0.201 . 0.270 . 0.085 . 0.091 . 0.073 . 0.258 . 0.124 . 0.096 . 0.135 . 0.186 . A 2WNS.A.1 55 0.278 . 0.356 . 0.112 . 0.275 . 0.103 . 0.295 . 0.146 . 0.112 . 0.127 . 0.190 . Q 2WNS.A.1 56 0.321 . 0.364 . 0.132 . 0.265 . 0.092 . 0.339 . 0.176 . 0.133 . 0.154 . 0.196 . N 2WNS.A.1 57 0.362 . 0.432 . 0.221 . 0.308 . 0.146 . 0.377 . 0.231 . 0.172 . 0.272 . 0.231 . A 2WNS.A.1 58 0.408 . 0.445 . 0.367 . 0.349 . 0.276 . 0.399 . 0.360 . 0.315 . 0.312 . 0.298 . G 2WNS.A.1 59 0.414 . 0.525 A 0.332 . 0.230 . 0.289 . 0.385 . 0.410 . 0.375 . 0.363 . 0.348 . I 2WNS.A.1 60 0.415 . 0.487 . 0.348 . 0.268 . 0.311 . 0.399 . 0.551 F 0.490 . 0.390 . 0.380 . S 2WNS.A.1 61 0.378 . 0.456 . 0.263 . 0.248 . 0.288 . 0.359 . 0.551 F 0.475 . 0.352 . 0.318 . F 2WNS.A.1 62 0.501 T 0.429 . 0.152 . 0.213 . 0.214 . 0.420 . 0.735 F 0.381 . 0.276 . 0.257 . D 2WNS.A.1 63 0.449 . 0.212 . 0.120 . 0.189 . 0.117 . 0.407 . 0.740 F 0.249 . 0.201 . 0.230 . T 2WNS.A.1 64 0.399 . 0.150 . 0.114 . 0.142 . 0.106 . 0.379 . 0.688 F 0.144 . 0.149 . 0.217 . V 2WNS.A.1 65 0.423 . 0.082 . 0.122 . 0.109 . 0.092 . 0.405 . 0.684 F 0.118 . 0.130 . 0.230 . C 2WNS.A.1 66 0.153 . 0.064 . 0.114 . 0.092 . 0.104 . 0.250 . 0.202 . 0.234 . 0.182 . 0.275 . G 2WNS.A.1 67 0.200 . 0.282 . 0.120 . 0.116 . 0.154 . 0.326 . 0.169 . 0.501 . 0.338 . 0.369 . V 2WNS.A.1 68 0.345 . 0.457 . 0.128 . 0.218 . 0.209 . 0.388 . 0.280 . 0.489 . 0.357 . 0.392 . P 2WNS.A.1 69 0.538 T 0.552 A 0.140 . 0.449 . 0.242 . 0.457 . 0.318 . 0.499 . 0.416 . 0.404 . Y 2WNS.A.1 70 0.567 T 0.598 A 0.216 . 0.511 C 0.489 . 0.493 . 0.330 . 0.380 . 0.400 . 0.376 . T 2WNS.A.1 71 0.579 T 0.560 A 0.191 . 0.501 C 0.536 D 0.491 . 0.313 . 0.132 . 0.253 . 0.306 . A 2WNS.A.1 72 0.532 T 0.493 . 0.179 . 0.415 . 0.511 D 0.487 . 0.215 . 0.202 . 0.313 . 0.335 . L 2WNS.A.1 73 0.386 . 0.366 . 0.152 . 0.210 . 0.520 D 0.404 . 0.205 . 0.186 . 0.363 . 0.318 . P 2WNS.A.1 74 0.290 . 0.232 . 0.090 . 0.117 . 0.288 . 0.338 . 0.196 . 0.160 . 0.276 . 0.304 . L 2WNS.A.1 75 0.245 . 0.235 . 0.075 . 0.121 . 0.115 . 0.282 . 0.147 . 0.188 . 0.280 . 0.300 . A 2WNS.A.1 76 0.236 . 0.220 . 0.082 . 0.133 . 0.096 . 0.258 . 0.134 . 0.109 . 0.212 . 0.235 . T 2WNS.A.1 77 0.206 . 0.199 . 0.083 . 0.126 . 0.089 . 0.236 . 0.112 . 0.094 . 0.128 . 0.206 . V 2WNS.A.1 78 0.157 . 0.189 . 0.081 . 0.091 . 0.078 . 0.216 . 0.092 . 0.088 . 0.123 . 0.200 . I 2WNS.A.1 79 0.163 . 0.188 . 0.086 . 0.083 . 0.076 . 0.224 . 0.082 . 0.078 . 0.117 . 0.190 . C 2WNS.A.1 80 0.188 . 0.207 . 0.086 . 0.110 . 0.077 . 0.250 . 0.098 . 0.093 . 0.109 . 0.191 . S 2WNS.A.1 81 0.243 . 0.320 . 0.093 . 0.122 . 0.081 . 0.260 . 0.088 . 0.095 . 0.117 . 0.199 . T 2WNS.A.1 82 0.260 . 0.342 . 0.156 . 0.182 . 0.167 . 0.268 . 0.085 . 0.104 . 0.166 . 0.220 . N 2WNS.A.1 83 0.252 . 0.361 . 0.193 . 0.199 . 0.286 . 0.262 . 0.132 . 0.136 . 0.173 . 0.227 . Q 2WNS.A.1 84 0.219 . 0.374 . 0.198 . 0.197 . 0.298 . 0.194 . 0.112 . 0.323 . 0.385 . 0.275 . I 2WNS.A.1 85 0.202 . 0.218 . 0.225 . 0.247 . 0.307 . 0.278 . 0.308 . 0.388 . 0.328 . 0.256 . P 2WNS.A.1 86 0.180 . 0.139 . 0.146 . 0.196 . 0.211 . 0.281 . 0.319 . 0.372 . 0.252 . 0.233 . M 2WNS.A.1 87 0.207 . 0.134 . 0.123 . 0.177 . 0.155 . 0.282 . 0.347 . 0.515 G 0.271 . 0.228 . L 2WNS.A.1 88 0.224 . 0.122 . 0.108 . 0.152 . 0.094 . 0.303 . 0.389 . 0.193 . 0.118 . 0.202 . I 2WNS.A.1 89 0.194 . 0.103 . 0.100 . 0.098 . 0.090 . 0.273 . 0.350 . 0.185 . 0.119 . 0.208 . R 2WNS.A.1 90 0.233 . 0.096 . 0.110 . 0.124 . 0.089 . 0.308 . 0.320 . 0.319 . 0.134 . 0.266 . R 2WNS.A.1 91 0.316 . 0.219 . 0.149 . 0.138 . 0.105 . 0.422 . 0.445 . 0.399 . 0.223 . 0.347 . K 2WNS.A.1 92 0.520 T 0.388 . 0.313 . 0.384 . 0.174 . 0.553 E 0.479 . 0.442 . 0.358 . 0.416 . E 2WNS.A.1 93 0.567 T 0.447 . 0.455 . 0.509 C 0.410 . 0.577 E 0.484 . 0.487 . 0.456 . 0.488 . T 2WNS.A.1 94 0.634 T 0.507 A 0.494 . 0.567 C 0.486 . 0.605 E 0.556 F 0.395 . 0.462 . 0.450 . K 2WNS.A.1 95 0.655 T 0.536 A 0.522 B 0.604 C 0.519 D 0.596 E 0.544 F 0.390 . 0.403 . 0.382 . D 2WNS.A.1 96 0.599 T 0.518 A 0.535 B 0.624 C 0.485 . 0.535 E 0.524 F 0.300 . 0.308 . 0.314 . Y 2WNS.A.1 97 0.556 T 0.512 A 0.389 . 0.575 C 0.537 D 0.526 E 0.522 F 0.246 . 0.215 . 0.267 . G 2WNS.A.1 98 0.572 T 0.504 A 0.394 . 0.596 C 0.501 D 0.552 E 0.449 . 0.223 . 0.190 . 0.254 . T 2WNS.A.1 99 0.547 T 0.468 . 0.435 . 0.598 C 0.514 D 0.535 E 0.444 . 0.144 . 0.171 . 0.229 . K 2WNS.A.1 100 0.493 . 0.406 . 0.310 . 0.426 . 0.543 D 0.544 E 0.461 . 0.142 . 0.142 . 0.216 . R 2WNS.A.1 101 0.454 . 0.317 . 0.258 . 0.385 . 0.322 . 0.532 E 0.463 . 0.151 . 0.133 . 0.210 . L 2WNS.A.1 102 0.390 . 0.247 . 0.236 . 0.234 . 0.216 . 0.464 . 0.470 . 0.133 . 0.129 . 0.214 . V 2WNS.A.1 103 0.421 . 0.196 . 0.318 . 0.532 C 0.241 . 0.500 E 0.445 . 0.157 . 0.127 . 0.230 . E 2WNS.A.1 104 0.425 . 0.216 . 0.292 . 0.504 C 0.473 . 0.524 E 0.409 . 0.235 . 0.154 . 0.261 . G 2WNS.A.1 105 0.437 . 0.284 . 0.304 . 0.495 . 0.399 . 0.518 E 0.517 F 0.342 . 0.207 . 0.392 . T 2WNS.A.1 106 0.450 . 0.359 . 0.287 . 0.491 . 0.368 . 0.545 E 0.571 F 0.439 . 0.260 . 0.443 . I 2WNS.A.1 107 0.377 . 0.396 . 0.199 . 0.285 . 0.395 . 0.546 E 0.582 F 0.507 G 0.464 . 0.586 I N 2WNS.A.1 108 0.815 T 0.518 A 0.261 . 0.827 C 0.293 . 0.568 E 0.579 F 0.439 . 0.547 H 0.549 I P 2WNS.A.1 109 0.810 T 0.485 . 0.260 . 0.850 C 0.422 . 0.555 E 0.477 . 0.381 . 0.490 . 0.441 . G 2WNS.A.1 110 0.836 T 0.486 . 0.258 . 0.851 C 0.472 . 0.508 E 0.420 . 0.291 . 0.477 . 0.376 . E 2WNS.A.1 111 0.835 T 0.466 . 0.266 . 0.846 C 0.455 . 0.459 . 0.436 . 0.194 . 0.277 . 0.250 . T 2WNS.A.1 112 0.274 . 0.244 . 0.162 . 0.375 . 0.374 . 0.360 . 0.422 . 0.169 . 0.153 . 0.224 . C 2WNS.A.1 113 0.263 . 0.149 . 0.107 . 0.156 . 0.185 . 0.326 . 0.469 . 0.156 . 0.134 . 0.209 . L 2WNS.A.1 114 0.160 . 0.087 . 0.093 . 0.092 . 0.086 . 0.202 . 0.396 . 0.139 . 0.123 . 0.204 . I 2WNS.A.1 115 0.161 . 0.068 . 0.095 . 0.091 . 0.091 . 0.223 . 0.315 . 0.136 . 0.129 . 0.218 . I 2WNS.A.1 116 0.261 . 0.096 . 0.112 . 0.114 . 0.109 . 0.371 . 0.372 . 0.158 . 0.148 . 0.243 . E 2WNS.A.1 117 0.325 . 0.161 . 0.111 . 0.135 . 0.128 . 0.447 . 0.368 . 0.151 . 0.175 . 0.266 . D 2WNS.A.1 118 0.378 . 0.290 . 0.105 . 0.162 . 0.140 . 0.493 . 0.442 . 0.161 . 0.182 . 0.291 . V 2WNS.A.1 119 0.440 . 0.390 . 0.105 . 0.176 . 0.124 . 0.515 E 0.459 . 0.154 . 0.190 . 0.289 . V 2WNS.A.1 120 0.550 T 0.451 . 0.103 . 0.197 . 0.124 . 0.566 E 0.453 . 0.146 . 0.193 . 0.276 . T 2WNS.A.1 121 0.529 T 0.429 . 0.175 . 0.321 . 0.183 . 0.554 E 0.429 . 0.140 . 0.189 . 0.266 . S 2WNS.A.1 122 0.524 T 0.427 . 0.326 . 0.409 . 0.408 . 0.534 E 0.312 . 0.122 . 0.169 . 0.248 . G 2WNS.A.1 123 0.511 T 0.390 . 0.296 . 0.376 . 0.448 . 0.520 E 0.255 . 0.125 . 0.160 . 0.239 . S 2WNS.A.1 124 0.323 . 0.264 . 0.298 . 0.346 . 0.441 . 0.393 . 0.156 . 0.111 . 0.152 . 0.225 . S 2WNS.A.1 125 0.283 . 0.285 . 0.240 . 0.174 . 0.395 . 0.347 . 0.131 . 0.094 . 0.134 . 0.210 . V 2WNS.A.1 126 0.227 . 0.240 . 0.116 . 0.096 . 0.172 . 0.305 . 0.106 . 0.098 . 0.129 . 0.197 . L 2WNS.A.1 127 0.188 . 0.215 . 0.093 . 0.099 . 0.092 . 0.261 . 0.085 . 0.089 . 0.124 . 0.193 . E 2WNS.A.1 128 0.179 . 0.202 . 0.101 . 0.101 . 0.088 . 0.246 . 0.098 . 0.082 . 0.115 . 0.194 . T 2WNS.A.1 129 0.164 . 0.202 . 0.092 . 0.108 . 0.100 . 0.244 . 0.097 . 0.097 . 0.117 . 0.187 . V 2WNS.A.1 130 0.160 . 0.196 . 0.087 . 0.091 . 0.094 . 0.234 . 0.103 . 0.108 . 0.115 . 0.182 . E 2WNS.A.1 131 0.152 . 0.161 . 0.081 . 0.081 . 0.081 . 0.236 . 0.119 . 0.097 . 0.117 . 0.186 . V 2WNS.A.1 132 0.141 . 0.170 . 0.078 . 0.087 . 0.078 . 0.217 . 0.101 . 0.107 . 0.118 . 0.185 . L 2WNS.A.1 133 0.167 . 0.190 . 0.081 . 0.135 . 0.096 . 0.242 . 0.111 . 0.123 . 0.121 . 0.190 . Q 2WNS.A.1 134 0.218 . 0.300 . 0.088 . 0.155 . 0.077 . 0.245 . 0.111 . 0.129 . 0.139 . 0.205 . K 2WNS.A.1 135 0.227 . 0.317 . 0.136 . 0.196 . 0.124 . 0.241 . 0.101 . 0.158 . 0.194 . 0.220 . E 2WNS.A.1 136 0.244 . 0.331 . 0.331 . 0.221 . 0.292 . 0.227 . 0.128 . 0.224 . 0.198 . 0.229 . G 2WNS.A.1 137 0.233 . 0.316 . 0.296 . 0.199 . 0.296 . 0.221 . 0.166 . 0.197 . 0.208 . 0.231 . L 2WNS.A.1 138 0.193 . 0.180 . 0.307 . 0.187 . 0.269 . 0.265 . 0.265 . 0.299 . 0.185 . 0.224 . K 2WNS.A.1 139 0.169 . 0.141 . 0.293 . 0.152 . 0.213 . 0.224 . 0.264 . 0.222 . 0.147 . 0.208 . V 2WNS.A.1 140 0.207 . 0.142 . 0.151 . 0.162 . 0.128 . 0.267 . 0.377 . 0.218 . 0.140 . 0.202 . T 2WNS.A.1 141 0.191 . 0.089 . 0.128 . 0.144 . 0.107 . 0.233 . 0.344 . 0.178 . 0.128 . 0.204 . D 2WNS.A.1 142 0.143 . 0.071 . 0.169 . 0.157 . 0.129 . 0.176 . 0.224 . 0.133 . 0.128 . 0.211 . A 2WNS.A.1 143 0.147 . 0.069 . 0.181 . 0.157 . 0.142 . 0.183 . 0.207 . 0.138 . 0.122 . 0.216 . I 2WNS.A.1 144 0.108 . 0.064 . 0.148 . 0.106 . 0.144 . 0.142 . 0.132 . 0.135 . 0.120 . 0.215 . V 2WNS.A.1 145 0.103 . 0.064 . 0.138 . 0.098 . 0.125 . 0.190 . 0.130 . 0.135 . 0.116 . 0.223 . L 2WNS.A.1 146 0.112 . 0.080 . 0.117 . 0.090 . 0.108 . 0.225 . 0.160 . 0.145 . 0.117 . 0.234 . L 2WNS.A.1 147 0.159 . 0.108 . 0.110 . 0.111 . 0.115 . 0.278 . 0.216 . 0.183 . 0.125 . 0.276 . D 2WNS.A.1 148 0.533 T 0.484 . 0.156 . 0.209 . 0.169 . 0.511 E 0.378 . 0.276 . 0.201 . 0.328 . R 2WNS.A.1 149 0.566 T 0.556 A 0.218 . 0.251 . 0.201 . 0.533 E 0.402 . 0.343 . 0.385 . 0.378 . E 2WNS.A.1 150 0.699 T 0.610 A 0.432 . 0.542 C 0.302 . 0.604 E 0.440 . 0.396 . 0.608 H 0.474 . Q 2WNS.A.1 151 0.708 T 0.629 A 0.656 B 0.653 C 0.429 . 0.615 E 0.447 . 0.384 . 0.572 H 0.395 . G 2WNS.A.1 152 0.605 T 0.534 A 0.578 B 0.606 C 0.474 . 0.568 E 0.400 . 0.251 . 0.500 H 0.348 . G 2WNS.A.1 153 0.556 T 0.457 . 0.557 B 0.641 C 0.460 . 0.550 E 0.365 . 0.196 . 0.384 . 0.295 . K 2WNS.A.1 154 0.353 . 0.323 . 0.430 . 0.418 . 0.419 . 0.433 . 0.278 . 0.132 . 0.170 . 0.223 . D 2WNS.A.1 155 0.280 . 0.286 . 0.148 . 0.200 . 0.286 . 0.373 . 0.310 . 0.109 . 0.152 . 0.219 . K 2WNS.A.1 156 0.257 . 0.289 . 0.107 . 0.158 . 0.128 . 0.353 . 0.293 . 0.110 . 0.155 . 0.206 . L 2WNS.A.1 157 0.312 . 0.424 . 0.107 . 0.197 . 0.141 . 0.354 . 0.279 . 0.147 . 0.177 . 0.211 . Q 2WNS.A.1 158 0.384 . 0.483 . 0.119 . 0.228 . 0.135 . 0.378 . 0.332 . 0.154 . 0.177 . 0.220 . A 2WNS.A.1 159 0.398 . 0.536 A 0.217 . 0.320 . 0.273 . 0.378 . 0.264 . 0.189 . 0.269 . 0.242 . H 2WNS.A.1 160 0.425 . 0.554 A 0.244 . 0.334 . 0.350 . 0.389 . 0.367 . 0.234 . 0.251 . 0.251 . G 2WNS.A.1 161 0.397 . 0.513 A 0.234 . 0.279 . 0.336 . 0.332 . 0.325 . 0.528 G 0.348 . 0.277 . I 2WNS.A.1 162 0.290 . 0.367 . 0.243 . 0.276 . 0.319 . 0.321 . 0.361 . 0.557 G 0.314 . 0.258 . R 2WNS.A.1 163 0.211 . 0.187 . 0.138 . 0.170 . 0.209 . 0.301 . 0.336 . 0.536 G 0.220 . 0.231 . L 2WNS.A.1 164 0.202 . 0.160 . 0.112 . 0.137 . 0.135 . 0.273 . 0.321 . 0.605 G 0.225 . 0.226 . H 2WNS.A.1 165 0.186 . 0.122 . 0.105 . 0.134 . 0.103 . 0.265 . 0.344 . 0.198 . 0.135 . 0.208 . S 2WNS.A.1 166 0.220 . 0.110 . 0.100 . 0.108 . 0.100 . 0.244 . 0.540 F 0.191 . 0.130 . 0.213 . V 2WNS.A.1 167 0.203 . 0.104 . 0.099 . 0.109 . 0.099 . 0.232 . 0.557 F 0.168 . 0.135 . 0.227 . C 2WNS.A.1 168 0.182 . 0.103 . 0.102 . 0.110 . 0.117 . 0.234 . 0.564 F 0.149 . 0.122 . 0.230 . T 2WNS.A.1 169 0.239 . 0.178 . 0.101 . 0.112 . 0.174 . 0.303 . 0.578 F 0.158 . 0.145 . 0.255 . L 2WNS.A.1 170 0.291 . 0.262 . 0.111 . 0.177 . 0.215 . 0.349 . 0.396 . 0.181 . 0.177 . 0.276 . S 2WNS.A.1 171 0.258 . 0.281 . 0.108 . 0.187 . 0.189 . 0.356 . 0.350 . 0.158 . 0.180 . 0.267 . K 2WNS.A.1 172 0.289 . 0.311 . 0.108 . 0.192 . 0.180 . 0.368 . 0.370 . 0.164 . 0.202 . 0.265 . M 2WNS.A.1 173 0.299 . 0.309 . 0.112 . 0.207 . 0.142 . 0.360 . 0.389 . 0.133 . 0.201 . 0.237 . L 2WNS.A.1 174 0.208 . 0.231 . 0.109 . 0.153 . 0.083 . 0.301 . 0.176 . 0.128 . 0.171 . 0.207 . E 2WNS.A.1 175 0.187 . 0.211 . 0.103 . 0.120 . 0.072 . 0.264 . 0.123 . 0.129 . 0.163 . 0.205 . I 2WNS.A.1 176 0.164 . 0.192 . 0.098 . 0.122 . 0.079 . 0.243 . 0.129 . 0.121 . 0.145 . 0.194 . L 2WNS.A.1 177 0.205 . 0.267 . 0.116 . 0.180 . 0.083 . 0.291 . 0.145 . 0.144 . 0.128 . 0.186 . E 2WNS.A.1 178 0.269 . 0.385 . 0.152 . 0.165 . 0.080 . 0.331 . 0.191 . 0.138 . 0.139 . 0.193 . Q 2WNS.A.1 179 0.294 . 0.389 . 0.223 . 0.180 . 0.141 . 0.367 . 0.206 . 0.269 . 0.223 . 0.210 . Q 2WNS.A.1 180 0.425 . 0.521 A 0.283 . 0.193 . 0.301 . 0.416 . 0.327 . 0.325 . 0.246 . 0.224 . K 2WNS.A.1 181 0.611 T 0.510 A 0.282 . 0.205 . 0.261 . 0.443 . 0.738 F 0.339 . 0.223 . 0.244 . K 2WNS.A.1 182 0.619 T 0.423 . 0.222 . 0.223 . 0.249 . 0.412 . 0.761 F 0.383 . 0.240 . 0.262 . V 2WNS.A.1 183 0.595 T 0.394 . 0.173 . 0.203 . 0.257 . 0.373 . 0.745 F 0.282 . 0.208 . 0.249 . D 2WNS.A.1 184 0.530 T 0.355 . 0.156 . 0.282 . 0.197 . 0.396 . 0.748 F 0.193 . 0.200 . 0.235 . A 2WNS.A.1 185 0.328 . 0.339 . 0.162 . 0.276 . 0.208 . 0.360 . 0.315 . 0.166 . 0.211 . 0.223 . E 2WNS.A.1 186 0.303 . 0.338 . 0.177 . 0.240 . 0.211 . 0.348 . 0.225 . 0.138 . 0.183 . 0.215 . T 2WNS.A.1 187 0.341 . 0.344 . 0.161 . 0.242 . 0.161 . 0.349 . 0.227 . 0.162 . 0.196 . 0.206 . V 2WNS.A.1 188 0.251 . 0.280 . 0.116 . 0.158 . 0.117 . 0.299 . 0.224 . 0.161 . 0.148 . 0.196 . G 2WNS.A.1 189 0.176 . 0.179 . 0.085 . 0.097 . 0.089 . 0.274 . 0.156 . 0.134 . 0.141 . 0.193 . R 2WNS.A.1 190 0.166 . 0.185 . 0.078 . 0.094 . 0.080 . 0.262 . 0.124 . 0.132 . 0.145 . 0.188 . V 2WNS.A.1 191 0.172 . 0.186 . 0.084 . 0.117 . 0.086 . 0.267 . 0.113 . 0.111 . 0.120 . 0.181 . K 2WNS.A.1 192 0.182 . 0.184 . 0.088 . 0.118 . 0.083 . 0.285 . 0.108 . 0.126 . 0.113 . 0.175 . R 2WNS.A.1 193 0.222 . 0.251 . 0.080 . 0.113 . 0.079 . 0.298 . 0.106 . 0.138 . 0.111 . 0.173 . F 2WNS.A.1 194 0.295 . 0.325 . 0.089 . 0.137 . 0.074 . 0.360 . 0.108 . 0.159 . 0.109 . 0.169 . I 2WNS.A.1 195 0.310 . 0.329 . 0.120 . 0.155 . 0.071 . 0.363 . 0.136 . 0.178 . 0.113 . 0.177 . Q 2WNS.A.1 196 0.300 . 0.335 . 0.127 . 0.150 . 0.069 . 0.337 . 0.116 . 0.118 . 0.112 . 0.187 . E 2WNS.A.1 197 0.288 . 0.307 . 0.165 . 0.171 . 0.089 . 0.350 . 0.084 . 0.126 . 0.150 . 0.210 .
References
NetTurnp - Neural Network Prediction of Beta-turns by Use of Evolutionary Information and Predicted Protein Sequence Features.
Petersen B, Lundegaard C, Petersen TN1 (2010)
PLoS ONE 5(11):e15079 doi:10.1371/journal.pone.0015079
1to whom correspondence should be addressed, e-mail:
tnp@cbs.dtu.dk
Center for Biological Sequence Analysis, CBS, Department of Systems Biology.
The Technical University of Denmark, DK-2800 Lyngby, Denmark.
ABSTRACT
The electronic version of this article is found here: download